Le musée abrite des collections des fouilles sur des sites néolithiques, arabes et romans, et le village était un important centre militaire et religieuse du Moyen Age depuis sa conquête par les Maures par Afonso Henriques (Couvent de Saint François et le château) et aussi Ville de repos et séjour de Reines portugaises (Dona Isabel et Dona Leonor), Reconnue comme patrie du XVe siècle du navigateur Pero de Alenquer, Alenquer a été habitées par Luis de poète national Camões, et aussi le lieu de naissance de Damian de Goes, compagnon de Erasmus.